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Metabolonoteとは

メタボロミクス研究で取得されたデータに対する「メタデータ」を専門に管理するデータベースです。メタデータの記録を極力簡単にすることで、メタボロミクスデータの公開と利用を促進することを目的に開発されました。

メタデータとは

分析機器から出力された生データやそれをPCで解析した解析データなどの実データに対して、どんなサンプルをどんな方法で分析・解析したかなど、実データに付帯する詳細情報を「メタデータ」と呼びます。メタデータは、「データのためのデータ」、「情報のための情報」とも呼ばれ、実データを正しく取り扱うために必要な情報です。

メタボロミクスとは

生物が作り出す代謝化合物を網羅的に検出することで生物の仕組みを理解しようとする研究分野です。主要な分析機器として、クロマトグラフィー（成分分離装置）と連結した質量分析装置が用いられいます。

これまでの問題点

実データを蓄積する従来のデータベースでは、データベースごとにメタデータも管理していました。しかし、メタボロミクスの実データに付帯するメタデータは非常に複雑なため、以下のような問題点がありました。

1. 実データのデータベースは、複雑なメタデータを管理するための仕組みをそれぞれ独自に構築しなければならない。
2. 実データのデータベース間でメタデータの記載方法が異なるので、メタデータの互換性がなく、ユーザーが理解しにくい。
3. 記載事項が複雑なので、データ入力コストが高い。
4. たとえば分析機器の詳細なパラメーター設定など、過去にさかのぼって調べることが難しい場合がある。

コンセプトと利点

上記の問題点を解決するために、メタデータを専門に取り扱うデータベースが着想されました。それがMetabolonoteです。Metabolonoteを利用することで、以下の利点が得られます。

利点１）他の様々な実データのデータベースから利用できる

メタボロミクスのデータは、様々な用途で用いられています。たとえば、同一の実データから得られたデータが、分析データのリポジトリ（MassBase）、ピークアノテーションのデータベース（KomicMarket）、MS/MSフラグメントのデータベース（MassBank, Bio-MassBank）で利用されることがあります。

メタデータ専用のデータベースを作ることで、これらの実データのデータベースから共通して、同じメタデータを参照することが可能になります。ユーザーは共通のフォーマットでメタデータを閲覧でき、データベース間でのデータ互換性を気にする必要がなくなります。

利点２）データの公開を加速する

メタボロミクスのデータ公開に当たって、最大の律速の一つとなっているのは、実は複雑なメタデータの整理です。メタボロミクス研究では、機器分析を行ってからデータ解析が終了するまで、多くのステップと時間を必要とします。このため、データを公開する段階になってメタデータに不備があると、過去にさかのぼってそれを確認するのに多大な労力がかかってしまいます。

メタボロノートでは、実データが存在しなくてもメタデータを整理・管理することができるため、実験ノートのように日常的に入力しながらメタデータを整理してゆくことができます。そしてデータの公開時には、メタデータへのアクセス権限を変更するだけで良いのです。そしてこのことが、データ公開を加速させることに大きく貢献します。

システムの特徴

特徴１）Wikiシステムなので記入がしやすい

ブラウザで簡単に編集することができます。
※ユーザーご自身のデータを登録・編集・公開するためには、ユーザーアカウントがあります。アカウントの作成（無料）についてはこちらをご覧ください。

特徴２）階層的なメタデータ構造を管理できる

メタボロミクスのメタデータは、いくつかの階層構造に分けられます。たとえば、サンプルの情報、サンプルを分析したときの情報、分析データをコンピューター解析したときの情報、などです。
メタボロノートでは、このような階層関係を考慮しながらメタデータを管理できます。
メタボロノートの階層構造については、こちら（データ構造とID表記について）を参照してください。

特徴３）APIでアクセスできる

Metabolonoteが提供するAPIを用いることで、外部データベースからMetabolonoteのデータを参照することができます。
APIの詳細については外部システムからのデータ利用（API）を参照してください。