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Metabolonoteのコンセプトと特徴

Metabolonoteは、メタボロミクス研究の実験データに付帯する「メタデータ」を専門で管理するデータベースシステムです。メタデータの記録を極力簡単にすることで、メタボロミクスデータの公開と利用を促進させることを目指しています。

データ構造とID表記について

Metabolonoteでは、メタボロミクスのメタデータを主に4つの階層構造に分けて管理しており、その階層構造に従ってメタデータのID付けをしています。Metabolonoteを閲覧する際の基礎知識として、ID付けのルールとWikiページ名の付け方をご確認ください。

例）IDが「SE1_S01_M01_D01」 のメタデータは、「SE1:/S01/M01/D01」という名前のWikiページに記載されており、下記のURLでアクセスできます。 http://metabolonote.kazusa.or.jp/SE1:/S01/M01/D01

統合メタボロームデータフォーマットTogoMD

上記メタデータの階層構造は、私たちが定義した統合メタボロームデータフォーマット（TogoMD）がもとになっています。

データの閲覧

Metabolonoteで公開されているメタデータを閲覧できます。閲覧画面はデータの階層構造（上記）に沿って構成されています。ここでは主に画面の見方について解説します。

データの登録・編集

ユーザーアカウントを作成することで、Metabolonoteにご自分のメタデータを登録できるようになります。

高度な利用方法

APIによる外部システムからのデータ利用

Metabolonoteが提供しているAPI（Application Programming Interface）を使うことで、他のデータベースやプログラムから、Metabolonoteのデータにプログラム的にアクセスすることができます。

Metabolonoteのセットアップ

Metabolonoteのシステムは無料で公開されています。コアプログラムをダウンロードし、セットアップすることで、ご自分のサーバー環境にMetabolonoteを設置することが可能になります。また、プロパティ、テンプレート、フォームを独自に設定することで、メタボロミクス以外のメタデータを管理する汎用的なシステムとしても利用可能になります。

関連ツール・リンク

KomicMarket2一時サイト

メタボローム解析で得られたピークデータやMS/MSデータを、TogoMDフォーマットで配布するサイトです。このサイトのデータ検索には、MetabolonoteのAPIが用いられており、Metabolonoteで管理された最新のメタデータをいつでも検索できるようになっています。

MNSearchDemo

MetabolonoteのAPI機能を使い、上記KomicMarket2一時サイトのような検索機能を持つウェブサイト作成するための、簡単なデモアプリケーションです。PHPで制作されています。APIの使用方法や動作を確認にご利用ください。

ダウンロード

MNSearchDemo_1.1.zip

zip圧縮形式 (44 KB)

FAQ

寄せられたご質問への回答を掲載しています。

お問い合わせ

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