Help:Data Structure ID/ja
From Metabolonote
< ヘルプトップ
English | 
日本語
メタデータの階層構造とID付けのルール
Metabolonoteでは、メタボロミクスのメタデータを主に4つの階層構造に分けて管理しており、その階層構造に従ってメタデータのID付けをしています。
Contents |
階層構造
Metabolonoteでは、実験データセットのメタデータを下記のような階層構造で管理しています。これは、私たちが定めた統合メタボロームデータフォーマット（TogoMD）に従っています。
SE (サンプルセット情報) |- S （サンプル情報） | |- M （機器分析情報） | |- D （データ解析情報） | (|- P （ピーク情報）※Metabolonoteでは使われません） |- SS （サンプル調製の詳細情報） |- MS （機器分析の詳細情報） |- DS （データ解析の詳細情報） |- AM （化合物アノテーションの詳細情報）
※各情報において記述すべき項目もTogoDMに従っています。
一つのサンプルセットには複数のサンプルが、一つのサンプルには複数の分析情報が、また一つの分析データには複数のデータ解析情報が含まれることが想定されます。
| IDラベル | 区分 | 説明 |
|---|---|---|
| SE | 実験セット情報 | 研究の目的に応じた実験データのまとまりについての情報。 どのサンプルをどのコントロールと比較するべきか等、データの解釈・取り扱いに関する情報を含む。 |
| S | サンプル情報 | 分析したサンプルの調製方法に関する情報 |
| M | 分析情報 | サンプルを機器分析した方法に関する情報 |
| D | データ解析情報 | 分析データをPC等で解析した方法に関する情報 |
| P | ピーク情報 | データ解析の結果取得された化合物ピークに関する情報。 （ピーク情報を保持するデータベース用に定義した区分であり、Metabolonoteでは使われていません。） |
| SS | サンプル調製の詳細情報 | 複数のサンプルに共通に適用した調整方法の詳細情報。 生体サンプルなら、どのような成育をさせたか、どんな薬剤処理をしたか、どの部位をサンプリングしたか、などを含む。 S（サンプル情報）で参照されます。 |
| MS | 分析手法の詳細情報 | 複数の分析実験に共通に適用した分析手法の詳細情報。 どのような装置をどのような設定で用いたか、などを含む。 M（分析情報）で参照されます。 |
| DS | データ解析手法の詳細情報 | 複数のデータ解析に共通して適用したデータ解析手法の詳細情報。 どのようなソフトウェアをどのようなパラメーターで解析したかなどを含む。 D（データ解析情報）で参照されます。 |
| AM | アノテーション情報 | どのような基準でピークのアノテーションをつけたかという情報。 P（ピーク情報）で参照されます。 |
ID付けのルール
各階層のIDラベル（上の表を参照）の後に数字をつけ、それを階層構造に従って、アンダーバーで連結したものが、各メタデータのIDになります。
例）
| メタデータID | 説明 |
|---|---|
| SE1_S01 | サンプルS01の調製に関する情報 |
| SE1_S01_M01 | サンプルS01を分析した情報。 分析で得られた生データ情報は、このメタデータにひもづく。 |
| SE1_S01_M01_D01 | M01で得られた分析データを解析した情報。 分析ピークを集積するデータベースでは、各ピーク情報がこのメタデータにひもづく。 |
数字部分の付け方
SEについてはシステム管理者がデータ公開時に発行します(データ構築時には、代わりに任意の仮IDが使用されます)。
それ以外の区分については、同じ階層で重複しなければ、ユーザーが任意につけることが可能です。数字は、ゼロフィルをしても構いませんが、例えばM01とM1は別のものとして区別されます。
MetabolonoteでのID表記
ページタイトル
Metabolonoteでは、MediaWikiページの構成上、ページタイトルが以下のように表記されます。
例）
SE1:/S01/M01/D01
URLを以下のように記述することで、対応するページへのリンクを作ることができます。
http://metabolonote.kazusa.or.jp/SE1:/S01/M01/D01
APIでのID指定
APIを用いてメタデータ情報を取得する場合は、アンダーバーで連結されたIDを用いて以下のように記載します。
http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataID&id=SE1_S01_M01&output=xml http://metabolonote.kazusa.or.jp/mnapi.php?action=getDataByMetadataID&id=SE1_S01_M01_D01&output=txt
APIについての詳細はこちらをご覧ください。
