SE123:/S101401/M11/D3
Sample Set Information
| ID | SE123 |
|---|---|
| Title | Untargeted metabolome analysis of foods using LC-MS (12) / LC-MSによる食品のノンターゲットメタボローム解析 (12) |
| Description | Untargeted metabolome analyses of foods were performed using LC-MS. Food items were selected from the Standard Tables of Food Composition in Japan-2005 (Seventh Revised Version) published by the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology, Japan (hereafter, refered to as the standard table). Metabolites in foods were extracted with methanol, separated by reversed-phase LC and detected using a high-resolution mass spectrometry (LTQ-FT, ThermoFisher Scientific). Two different conditions (Method 1, and Method 5) were applied to ESI positive mode detections, and Method 1 was applied to ESI negative mode detection. A series of different parameter settings for PowerGetBatch software were used for peak detection, and valid peaks were selected by an alignment of the resulted peaks with those detected from several mock samples. The detailed peak information including the results from compound database search and prediction of flavonoid aglycones using FlavonoidSearch were published from the Food Metabolome Repository (http://metabolites.in/foods).
Sample ID: Prefix "S" + Food Item No. in the standard table + blanch No. ∗ The basic blanch No. is 1, and larger numbers were assigned for different types of the food items, and so on.
M11: Method 1 for accurate mass measurement in ESI negative mode M05: Method 5 for acquire MS3 spectrum in ESI positive mode M90, M91: Pseudo analysis representing a set of analyses used in the alignment for each positive and negative analysis, respectively
LC-MSを用いて食品をノンターゲットメタボローム分析した。食品は、日本食品標準成分表2015年版（七訂）（文部科学省）（以後「食品成分表」）から代表的なものを選んだ。メタノール抽出後、逆相HPLCで分離し、高分解能フーリエ変換型質量分析（LTQ-FT, ThermoFisher Scientific）による分析を行った。一つの食品につき、二つの異なる条件（Method 1, Method 5）でESIポジティブ分析を行い、精密質量値とMS2、MS3スペクトルを得た。ESIネガティブ分析は、１つの条件で精密質量値とMS2スペクトルを得た。ピーク検出は、PowerGetBatchソフトの異なるパラメーター設定による複数回の検出結果をアラインメントし、同時にアラインメントした試料の代わりに水を用いたMock分析データを差し引くことで実施した。検出されたピーク情報から、データベース検索、FlavonoidSearchによるフラボノイドアグリコンの推定を行った結果は、食品メタボロームレポジトリ（http://metabolites.in/foods ）から公開している。
サンプルID： 接頭辞S + 食品成分表の食品番号 + 枝番（1, 2） ※枝番は1から始まり、同じ食品を何種類か分析した場合などに2以上を付した。
M11：Method 1（精密質量分析用）によるESIネガティブ分析 M05：Method 5（MS3スペクトル取得用）によるESIポジティブ分析 M90, M91：アラインメントに用いた分析データ（複数）を示すための疑似的な分析 |
| Authors | Sakurai N1,2, Suda K1, Akimoto N1, Osawa S1 (1 Kazusa DNA Research Institute, 2 National Institute of Genetics), Contact: sakurai AT nig.ac.jp (replace AT with @)
櫻井望1,2、須田邦裕1、秋元奈弓1、大澤祥子1（1 かずさDNA研究所, 2 国立遺伝学研究所） |
| Reference | Sakurai N and Shibata D. Tools and databases for an integrated metabolite annotatio environment for liquid chromatography-mass spectrometry-based untargeted metabolomics. Carotenoid Science 22: 16-22 (2017) |
| Comment |
Sample Information
| ID | S101401 |
|---|---|
| Title | 10140 ＜魚類＞（さけ・ます類） しろさけ イクラ, Fish, salmon and trout, chum salmon, "Ikura" (salted roe) |
| Organism - Scientific Name | Oncorhynchus keta |
| Organism - ID | NCBI taxonomy: 8018 |
| Compound - ID | |
| Compound - Source | |
| Preparation | Purchased at a supermarke (Kisarazu, Chiba, Japan, 6 October, 2017)
スーパーマーケットで購入 (木更津市, 2017年10月6日） |
| Sample Preparation Details ID | SS1 |
| Comment |
Sample Preparation Details Information
| ID | SS1 |
|---|---|
| Title | Preparation of food samples |
| Description | Foods without 'Removed Portion' were ground into fine powder in liquid nitrogen. 'Removed Portion' described in the 'Remarks' in the Standard Tables were removed. Solid samples were ground into fine powder in liquid nitrogen with mortal and pestle. When food size is large, a representative portion is cutout and ground. For example, in the case of a water melon, a portion of comb cut where the edge is along to the line between the petiole and the tip of the fruit is used to minimize the deviation of maturity in the fruit. Liquid samples are used without grinding.
廃棄部位を除去したものを凍結粉砕して使用した。食品成分表に廃棄部位の記載があるものは、記載に従って、廃棄部位を除去した。固形のサンプルは、液体窒素下で乳鉢・乳棒によりファインパウダー状に粉砕した。大型のため全体を凍結粉砕して均一化できないものは、なるべく全体をまんべんなく含むように切り出し、粉砕処理に供試した。たとえばスイカでは、ヘタから先端までの中心軸が、くし切りの直線部分になるようにくし切りにしたものを用いた。 |
| Comment_of_details |
Analytical Method Information
| ID | M11 |
|---|---|
| Title | Method 1: ESI Negative, Data dependent MS2 scan (FT, IT) |
| Method Details ID | MS11 |
| Sample Amount | Approx. 5 mg FW / 20 µL injection |
| Comment |
Analytical Method Details Information
| ID | MS11 |
|---|---|
| Title | LC-FT-MS, ESI, Negative (method 1) |
| Instrument | Agilent1100 HPLC (Agilent), LTQ-FT (Thermo Fisher Scientific) |
| Instrument Type | LC-FTICR-MS |
| Ionization | ESI |
| Ion Mode | Negative |
| Description | Metabolite Extraction
Compounds in foods were extracted by approximately 75%(v/v) methanol. In the case of liquid samples and powders from foods containing abundant water (such as vegetables), 3 times volume (v/v or w/v) of 100% methanol were added. In the case of samples with low water content (such as dried seaweed), 400 times volume (w/v) of 75% methanol were added. We did not measure the moisture content of each food. A 25 µM of 7-hydroxy-5-methylflavone is contained as internal standard (IS) in the added methanol. The sample in methanol in 2 mL tubes was homogenized using Mixer Mill MM 300 (QIAGEN) at 25 Hz, for 2 min, twice. A homogenate was centrifuged under 17,400 x g, 5 min at 4 ºC. A supernatants was passed through a Polytetrafluoroethylene (PTFE) filter (pore size 0.2 µm, Millipore), and a filtrate was applied to a C18 silica column (MonoSpin C18, GL Science) to remove highly-hydrophobic contaminants. The filtrate passed through the C18 column was used for LC-MS analyzes. The same extraction procedure were performed using 75%(v/v) methanol without sample to prepare mock samples and used as negative controls.
Agilent 1100 system (Agilent) and Finnigan LTQ-FT (Thermo Fisher Scientific) were used. Aliquots (20 µL) of the methanol extract were applied to a TSK-gel ODS-100V column (4.6 x 250 mm, 5 µm, TOSO), and separated by water containing 0.1%(v/v) formic acid (Solvent A) and acetonitrile containing 0.1%(v/v) formic acid (Solvent B). The gradient program was as follows: 3% B (0 min), 97% B (90 min), 97% B (100 min), 3% B (100.1 min), and 3% B (107 min). The flow rate was set at 0.25 mL/min for 0-100 min, and 0.5 mL/min for 100.1-107 min. The column oven temperature was set to 40 ºC. To monitor the HPLC eluate, a photodiode array detector was used with a wavelength range of 200-650 nm.
A setting for measurement of accurate mass and for obtaining MS/MS spectra.
MS2 scan: Data dependent scan by ion trap (IT) MS for the most intense 5 ions in the full scan
化合物の抽出 終濃度約75%(v/v)のメタノールで抽出した。液体や含水率の高い葉野菜などの試料は、3倍容または3倍量の100%メタノールを添加した。のりなどの乾燥した試料は、75%メタノールを加えた。なお、正確な含水率は測定していない。また、用いたメタノールには、質量分析での内部標準として、25μMの7-ヒドロキシ-5-メチル フラボンを添加した。メタノールを添加した試料を、Mixer Mill MM 300 (QIAGEN社)にて、25 Hz, 2 min, 2回の条件で激しく撹拌し、その後、 17,400×g, 5 min, 4℃で遠心分離した。遠心上清を、ポアサイズ0.2μmのポリテトラフルオロエチレン（PTFE） フィルター（Millipore社）で濾過して微粒子を除去したあと、濾液をC18シリカカラム（MonoSpin C18、 GLサイエンス社）に通して疎水性の強い成分を吸着除去した。C18カラムを通過した試料を、液体クロマトグラフィー- 質量分析に供試した。 試料を含まない75%メタノール抽出液で、全く同じ処理を行ったもの（mockサンプル）を準備し、 ネガティブコントロールとして用いた。
液体クロマトグラフィーとしてAgilent 1100システム（Agilent社）、その下流に接続した質量分析器として Finnigan LTQ-FT（Thermo Fisher Scientific社）を用いた。上記までに調製したメタノール抽出試料20μLを、LC装置に接続したTSK-gel ODS-100Vカラム（4.6×250 mm, 5μm, 東ソー社）にロードし、溶媒A（0.1%(v/v)ギ酸を含む HPLCグレードの水）と溶媒B（0.1%(v/v)ギ酸を含むHPLCグレードのアセトニトリル）によるリニアグラジエントにより分離した。グラジエントプログラムは、3% B (0 min), 97% B (90 min), 97% B (100 min), 3% B (100.1 min), 3% B (107 min)とした。流速は、0-100 minの分離時間が0.25 mL/min、100.1-107 minのウォッシュ時間が0.5 mL/minとした。流速は0.25 mL/min (0-100 min)、0.5 mL/min (100.1-107 min)とした。カラムオーブン温度は40℃とした。HPLCによる溶出をモニタするため、UV/Vizフォトダイオードアレイ検出器により200-650 nmの吸収波長を測定した。
成分の精密質量を得ながら、多くのMS/MSスペクトルを取得する条件設定
MS2スキャン： フルスキャンで得た強度の強い上位5つのイオンについて、イオントラップ型質量分析(IT)
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| Comment_of_details | [column] TSK-gel ODS-100V (4.6 x 250 mm, 5 micrometer; TOSOH)
[gradient] Solvent A: water containing 0.1% v/v formic acid; Solvent B: acetonitrile containing 0.1% v/v formic acid; Gradient: 3% B (0 min), 97% B (90 min), 97% B (100 min), 3% B (100.1 min), and 3% B (107 min) [total separation time] 107 min |
Data Analysis Information
| ID | D3 |
|---|---|
| Title | Peak detection (Method 1, Setting 3) |
| Data Analysis Details ID | DS1 |
| Recommended decimal places of m/z | default |
| Comment |
Data Analysis Details Information
| ID | DS1 |
|---|---|
| Title | Peak detection using PowerGetBatch |
| Description | PowerGetBatch software (version 0.5.0, http://www.kazusa.or.jp/komics/software/PowerGetBatch) was used for peak detection. Three sets of peak detection parameters were used for the Method 1 Positive/Negative data from food samples and a single set of parameters was applied for each Method 5 Positive data from food samples and Method 1 Positive/Negative data from mock samples. The detailed peak detection parameters for PowerGetBatch is available at Food Metabolome Repository website (http://metabolites.in/foods/data/PGB_params.zip).
PowerGetBatchソフト（バージョン0.5.0, http://www.kazusa.or.jp/komics/software/PowerGetBatch ）を用いて実施した。検出パラメーターは、食品メタボロームレポジトリのウェブサイト（http://metabolites.in/foods/data/PGB_params.zip ）から入手できる。Method 1によるポジティブ分析およびネガティブ分析については、3つの異なるPowerGetBatchパラメーター設定によってピーク検出を行った。Method 5によるポジティブ分析および、MockサンプルのMethod 1によるポジティブおよびネガティブ分析については、それぞれ1種類のパラメーター設定を用いた。 |
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