Help:Installing Metabolonote/ja

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【Step 4】： Metabolonoteのインストール方法

1 概要
2 インストール前準備
3 ファイルの確認
4 MediaWikiインストール時に接頭辞を設定した場合
- 4.1 接頭辞の設定方法
5 データファイルの配置
- 5.1 Metabolonoteディレクトリ
- 5.2 Metabolonote用APIファイル
6 MySQLテーブルの追加
- 6.1 テーブル追加
7 インストール
- 7.1 インストール完了確認
8 MediaWiki管理者のメール認証
9 初期ページデータのインストール
10 オプション設定
11 グローバル変数
12 APIによるデータ出力(getDataByMetadataId)に関する設定

概要

Metabolonoteとは、質量分析データに付帯する、分析・解析方法に関する情報(メタデータ)を専門に取り扱うMediaWikiの拡張機能です。

インストール前準備

Metabolonoteをインストールするには、以下のプログラムがインストールされていることが必要です。特にSemanticMediaWikiとSemanticFormsは、Metabolonoteにより独自に機能拡張されたバージョンがインストールされていることが必要です。

ファイルの確認

配布用圧縮ファイルを展開後、以下のファイルを使用してインストールを行います。

Metabolonote
mnapi.php
Metabolonote_CreateTables.sql
Metabolonote_FormsData.xml

MediaWikiインストール時に接頭辞を設定した場合

MediaWikiをインストールする際に、「データベーステーブルの接頭辞」項目で接頭辞を設定した場合は、データベースへ追加する前にテーブルデータに対して接頭辞を追加する必要があります。
変更を行うファイルは以下のファイルとなります。

Metabolonote_CreateTables.sql

名称	説明
PrefixName_	MediaWikiインストール時に設定した接頭辞

以下は、上記の表に基づき解説します。
接頭辞はLocalSettings.php内の「$wgDBprefix」として記載されています。

接頭辞の設定方法

Metabolonote_CreateTables.sql内の以下を変更してください。

（例）
     変更前                           変更後
`mn_namespace_names` -> `PrefixName_mn_namespace_names`
`mn_page_form`      -> `PrefixName_mn_page_form`

データファイルの配置

以下では、配置するディレクトリ名を「metabolonote」とし、Apacheのドキュメントルートを「/var/www/html」として解説します。

Metabolonoteディレクトリ

ファイルを展開します。

$ unzip Metabolonote-1.3.0.zip

展開されてできたディレクトリ内に移動します。

$ cd Metabolonote-1.3.0

metabolonoteディレクトリ配下のextensionsディレクトリ配下に、以下のようにコピーします。

$ cp -ar Metabolonote /var/www/html/metabolonote/extensions/Metabolonote

Metabolonote用APIファイル

Metabolonoteで使用するAPIファイルをmetabolonoteディレクトリ配下に、以下のようにコピーします。

$ cp -ar mnapi.php /var/www/html/metabolonote/mnapi.php

MySQLテーブルの追加

Metabolonoteのインストールを行う前にMySQLのデータベースにテーブルを追加する必要があります。

名称	説明
DATABASE_NAME	MediaWikiデータ保存用データベース名
MYSQL_USER	MySQLユーザー名
MYSQL_PASS	MySQLパスワード

以下は、上記の表に基づき解説します。

テーブル追加

以下のコマンドでテーブルを追加して下さい。

$ mysql -u MYSQL_USER -p --database DATABASE_NAME < Metabolonote_CreateTables.sql

インストール

/var/www/html/metabolonote/LocalSettings.phpの最終行に次を記載します。

require_once("$IP/extensions/Metabolonote/Metabolonote.php");

インストール完了確認

Metabolonoteが正常にインストールが完了したかを確認する方法を解説します。

画面左のツールボックスから「特別ページ」リンクを選択します。
画面中央部「ウィキに関する情報とツール」項目の中の「バージョン情報」リンクを選択します。
画面内の「インストール済み拡張機能」項目の中に「Metabolonote」が表示されていればインストールは完了です。

MediaWiki管理者のメール認証

Metabolonoteでは、メールによる認証を行わない限り、ページの編集を行うことができません。以下の方法でメール認証を行います。

名称	説明
ADMINISTRATOR_NAME	MediaWiki管理者名
ADMINISTRATOR_PASS	MediaWiki管理者パスワード

以下は、上記の表に基づき解説します。

Log in / create account

画面右上の「Log in / create account」リンクを選択します。
MediaWikiインストール時に作成した管理者権限ユーザーにてログインします。

Username：ADMINISTRATOR_NAME

Password：ADMINISTRATOR_PASS

上記入力後、「Log in」ボタンを押下します。

Main Page

画面上部の「My Preferences」リンクを選択します。

Preferences

「User profile」タブ内の、「メールアドレスを確認する」リンクを選択します。

Confirm e-mail address

「確認用コードを送信する」ボタンを押下します。

MediaWikiインストール時に設定したメールアドレス宛に、以下のような内容のメールが送信されます。

Someone, probably you, from IP address ***.***.*.*,
has registered an account "ADMINISTRATOR_NAME" with this e-mail address on Metabolonote.

To confirm that this account really does belong to you and activate
e-mail features on Metabolonote, open this link in your browser:

http://metabolonote.kazusa.or.jp/Special:ConfirmEmail/********************************

If you did *not* register the account, follow this link
to cancel the e-mail address confirmation:

http://metabolonote.kazusa.or.jp/Special:Invalidateemail/********************************

This confirmation code will expire at 08:29, 13 February 2014.

この時点では、メール認証は完了していません。

メールで送られてきた内容を確認し、「http://metabolonote.kazusa.or.jp/Special:ConfirmEmail/********************************」リンクを選択することで、認証が完了します。

初期ページデータのインストール

ページデータが存在しない状態では、フォームを使用したページ作成機能等の動作を確認することができません。
Metabolonoteと同様の設定ファイルを初期ページデータとしてインポートし、動作確認を行う場合、以下の方法でインポートします。

名称	説明
ADMINISTRATOR_NAME	MediaWiki管理者名
ADMINISTRATOR_PASS	MediaWiki管理者パスワード

以下は、上記の表に基づき解説します。

Log in / create account

画面右上の「Log in / create account」リンクを選択します。
MediaWikiインストール時に作成した管理者権限ユーザーにてログインします。

Username：ADMINISTRATOR_NAME

Password：ADMINISTRATOR_PASS

上記入力後、「Log in」ボタンを押下します。

Main Page

画面左のツールボックスから「特別ページ」リンクを選択します。

特別ページ

「ページデータ取り込み」リンクを選択します。

ページデータ取り込み

ファイルの名前：「Metabolonote_FormsData.xml」のファイルパス

上記入力後、「ファイルをアップロード」ボタンを押下します。

ページデータ取り込み

アップロードが完了すると、「取り込みが完了しました！」と表示されます。

取り込んだデータをページ上に反映するため、以下の操作を行います。

画面左のツールボックスから「特別ページ」リンクを選択します。
「Semantic MediaWikiの管理機能」リンクを選択します。
「データの更新を開始」ボタンを押下します。

データの更新は、Metabolonote内のページがユーザーによって読み込まれるごとに少しずつ行われてゆきます。更新の進捗は「Semantic MediaWikiの管理機能」ページ内に表示されます。

もし、データの更新が完了した後になっても、インポートしたデータがブラウザ上で適切に表示されない場合は、お使いのブラウザのキャッシュに古いデータが残っている可能性があります。その場合は、ブラウザのキャッシュをクリアしてください。

オプション設定

Metabolonoteでは、LocalSettings.phpに以下の追加設定をしています。

ページデータインポート時の最大処理件数を設定します。

$wgJobRunRate = 100;

MediaWiki従来のAPIを使用しない設定にします。

$wgEnableAPI = false;

未ログイン時にIPアドレスが表示されない設定にします。

$wgShowIPinHeader = false;

利用者がページの移動を行えないように設定します。

$wgGroupPermissions['user']['move'] = false;

画面左上のロゴを変更する場合に設定します。（以下は、Metabolonoteロゴを表示します。）

$wgLogo = "$wgScriptPath/extensions/Metabolonote/skins/images/metabolonote_logo.jpg";

外部へのURLをページデータとして登録できるように設定します。

$wgCaptchaTriggers['addurl'] = false;

グローバル変数

Metabolonoteで使用するグローバル変数を、以下の表に記載します。変更を行う際にはLocalSettings.phpへ記述します。

変数	説明	初期値	例
$mngSpecialNamespacesIndex	サンプルセットID(名前空間)の最小番号	200	$mngSpecialNamespacesIndex = 200;
$mngTopPageName	サンプルセットのトップページ名	/	$mngTopPageName = "/";
$mngDatabaseName	API出力時のinfoファイルに記載されるデータベース名	kazusa	$mngDatabaseName = 'kazusa';
$mngPublicTopPagePrefix	サンプルセットIDの公開時にタイトルとなる文字列	SE	$mngPublicTopPagePrefix = 'SE';
$mngSkinEditUsers	配列で指定した利用者にスキン変更を許可	array()	$mngSkinEditUsers = array('UserName^※');
$mngCreateAccountWaitTime	アカウントの連続作成防止の為の待ち時間(秒)	60	$mngCreateAccountWaitTime = 60;
$mngCreateAccountLimit	24時間以内でのアカウント作成限度数	5	$mngCreateAccountLimit = 5;
$mngExportAPIXMLParametar	APIによるデータのXML形式出力時に属性値として出力するフォームの項目名	id	$mngCreateAccountLimit = 'id';
$mngClassesHiddenFromPageNavigator	ナビゲーションリンクの非表示ページ	array('AM', 'MS', 'DS')	$mngClassesHiddenFromPageNavigator = array('MS', 'DS', 'AM');
$mngMetadataClassLevels	サンプルセットのページ階層 ※フォーム名と階層番号を配列に登録することにより、ページ階層が決定されますまた、配列内の順序によりページの表示順序も決定されます【入力内容詳細】 array( '[フォーム名]' => array('level' => [階層番号]) )	array( 'SE' => array('level' => 1), 'S' => array('level' => 2), 'M' => array('level' => 3), 'D' => array('level' => 4), 'MS' => array('level' => 2), 'DS' => array('level' => 2), 'AM' => array('level' => 2) )	$mngMetadataClassLevels = array( 'SE' => array('level' => 1), 'S' => array('level' => 2), 'M' => array('level' => 3), 'D' => array('level' => 4), 'MS' => array('level' => 2), 'DS' => array('level' => 2), 'AM' => array('level' => 2) );
$mngMetadataClassRelations	サンプルセットのデータ参照【入力内容詳細】 array( array('[参照先フォーム名]', '[参照先入力フォーム名]', '[参照先入力プロパティ名]') )	array( array('MS', 'M', 'M_Method_Set_ID'), 　array('DS', 'D', 'D_Data_Analysis_Set_ID') )	$mngMetadataClassRelations = array( array('MS', 'M', 'M_Method_Set_ID'), 　array('DS', 'D', 'D_Data_Analysis_Set_ID') );
$mngTopPageDisplayedLinkPropertyNames	サンプルセットのトップページに表示されるページリンクツリーの表示項目【入力内容詳細】 array( '[フォーム名]' => '[プロパティ名]' )	array( 'SE' => 'SE_Title', 'S' => 'S_Title', 'M' => 'M_ID', 'D' => 'D_ID', 'MS' => 'MS_Title', 'DS' => 'DS_Title', 'AM' => 'AM_Title' )	$mngTopPageDisplayedLinkPropertyNames = array( 'SE' => 'SE_Title', 'S' => 'S_Title', 'M' => 'M_ID', 'D' => 'D_ID', 'MS' => 'MS_Title', 'DS' => 'DS_Title', 'AM' => 'AM_Title' );

※「UserName」は管理者権限を持たない利用者となります。

変数	説明
$mngXMLSchemaURI	APIによるデータのXML形式出力時に必要情報を取得するXSDファイルのURI xsdファイルが同一サーバに存在する場合には、xsdファイルまでのフルパスを指定できます。
	初期値
	http://metabolonote.kazusa.or.jp/TogoMetabolomeDbSchema.xsd
	例
	$mngXMLSchemaURI = 'http://metabolonote.kazusa.or.jp/TogoMetabolomeDbSchema.xsd';

APIによるデータ出力(getDataByMetadataId)に関する設定

データ出力API(getDataByMetadataId)を使用して、XML形式でのデータ出力を行う際に、下記の設定を確認してください。

php.iniの内容に「allow_url_fopen = On」と記載されている。

または

PHP関数の「cURL」コマンドが実行可能。

確認方法：コマンドライン上で「curl --help」を実行し、ヘルプ内容が表示されれば導入されています。

上記のどちらかが設定されていない場合、XML形式でのデータ出力は行えませんので、ご注意ください。

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Contents

概要

インストール前準備

ファイルの確認

MediaWikiインストール時に接頭辞を設定した場合

接頭辞の設定方法

データファイルの配置

Metabolonoteディレクトリ

Metabolonote用APIファイル

MySQLテーブルの追加

テーブル追加

インストール

インストール完了確認

MediaWiki管理者のメール認証

初期ページデータのインストール

オプション設定

グローバル変数

APIによるデータ出力(getDataByMetadataId)に関する設定

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